许多沙漠位于盆地中央，而盆地相对四周外围高地来说具有聚水的性能，所以，沙漠中通常不乏河道的分布。沙漠河道多为季节性有水的河道，也有洪水形成的旱谷和暂时性河道。常年性有水的河道虽然少，但也常见。
河流是砂物质的运输线。在干旱盆地中，洪水或河流将外围山区大量的泥砂年复一年地运送到盆地中沉积下来，为风力形成沙丘提供源源不断的砂源。河流对砂物质搬运的同时，还进行分选加工，使砾石、砂、粉砂和粘土按大小不同分别沉积在不同的河道部位。一般来说，在河流的源头和上游先沉积砾石，中游多为砂物质，下游则滞留粉砂、粘土。黄河流经我国北方干旱及半干旱、半湿润地区，沿线为许多沙漠提供了砂源，如青海共和盆地、宁夏腾格里沙漠、内蒙乌兰布和和库布齐沙漠等。河南的延津、山东的禹城沙漠化土地均与干季风对河流砂的再侵蚀和再搬运有关。可见，流水或河流是沙漠砂的真正提供者，是建造沙漠的后勤部长。
河流还对沙漠水热有很大的调节作用。沙漠中河流的进入增加了地表河水和湖水，也使地下水位有所提高，同时通过水面蒸发作用要消耗大量的热能，使有水地区气温下降并多风，这是沙漠中湖泊地区凉快的主要原因。
沙漠河流摆动大。由于干旱区河流的泥砂含量大，河床淤积快，难免要发生频繁的决堤和河流改道。决堤洪水恣意漫流，常侵入沙丘之间，总能影响沙丘的形成过程，也时不时改变着植物的生长范围。
