生态风险除了具有一般意义上的“风险”涵义外，还具有如下特点：

不确定性

生态系统具有哪种风险和造成这种风险的灾害（即风险源）是不确定的。人们事先难以准确预料危害性事件是否会发生以及发生的时间、地点、强度和范围，最多具有这些事件先前发生的概率信息，从而根据这些信息去推断和预测生态系统所具有的风险类型和大小。不确定性还表现在灾害或事故发生之前对风险已经有一定的了解，而不是完全未知。如果某一种灾害以前从未被认知，评价者就无法对其进行分析，也就无法推断它将要给某一生态系统带来何种风险。风险是随机的，具有不确定性。

危害性

生态风险评价所关注的事件是灾害性事件，危害性是指这些事件发生的作用效果对风险承受着（这里指生态系统及其组分）具有的负面影响。这些影响将有可能导致生态系统结构和功能的损失，生态系统内物种的病变，植被演替过程的中断或改变，生物多样性的减少等。虽然某些事件发生以后对生态系统或其组分可能具有有利的作用，如台风带来降水环节了旱情等，但是，尽是生态风险评价时将不考虑这些正面的影响。

内在价值性

生态风险评价的目的是评价具有危害和不确定性事件对生态系统及其组分可能造成的影响，在分析和表征生态风险时应体现生态系统自身的价值和功能。这一点与通常经济学上的风险评价以及自然灾害风险评价不同，在这些评价中，通常将风险那个经济损失来表示，但针对生态系统所作的生态风险评价是不可以将风险值用简单的物质或经济损失来表示的。固然生态系统中物质的流失或物种的灭绝必然会给人们造成经济损失，但生态系统更重要的价值在于其本身的健康、安全和完整，正如某一物种灭绝了，很难说这一事件桂人类造成了多大的损失，但是用再多的经济投入也是不可挽救的。因此，分析和表征生态风险一定要与生态系统自身的结构和功能相结合，以生态系统的内在价值为依据。

客观性

任何生态系统都不可能是封闭、静止不变的，必然会受诸多具有不确定性和危害性因素的影响，也就必然存在风险。由于生态风险对于生态系统来说是客观存在的，所以，人们在进行区域开发建设等活动，尤其是涉及影响生态系统结构和功能活动的时候，对生态风险要有充分地认识，在进行生态风险评价时也要有科学严谨的态度。