在普氏原羚活动区域和栖息地，威胁普氏原羚生存的主要因素有以下几个方面：
     （一）栖息地的缩小和破碎化。各个活动区域草场严重退化，沙化面积逐步扩大。以前茂盛、丰富的草场，现在以狼毒花等杂草替代，草场质量急剧下降，鼠害严重，裸地、滩涂地增多，家畜超载。
      (二) 围拦对普氏原羚自然活动的阻隔。在各个活动区域，围栏平均高度在1.2?1.4米左右，分A型和B型两种，大部分围栏为A型带刺围拦。在普氏原羚活动、交配、繁殖期间，极大地方便了狼和狐狸对普氏原羚的捕猎，限制了普氏原羚的活动区域，增加了普氏原羚的死亡数量。例如：对老、弱、病、残的普氏原羚和怀孕期的雌性普氏原羚以及繁殖期间的幼羚，更容易被狼和狐狸吃掉。
     （三）家畜和普氏原羚的冲突严重。普氏原羚没有固定的觅食地、饮水地、活动区域家畜数量过多，牧场超载严重，造成了与家畜争抢夺食、你进我退、你退我进的现象。
     （四）偷猎现象依然存在。 
     （五）缺乏水源。普氏原羚饮水难的问题在每个区域都存在。目前，刚察县、海晏县、湖东建立了饮水点，但是还无法满足普氏原羚一年四季饮水的需求。
     （六）外寄生虫疾病发生率较多，并导致普氏原羚死亡现象。2007年和2008年，在甘子河和湖东区域的调查中发现：外寄生虫和急性肺炎也是导致普氏原羚死亡的其中原因之一。同时，疾病导致了野生数量的减少。
     （七）吃垃圾现象较多。在多次的考察当中看到，普氏原羚吃垃圾以后，导致消化不良而死亡现象较多。家畜和野生动物舔食硷盐和吃其它东西的原因较多，经常由于矿物质特别是食盐和硷盐的缺乏，钙不足，微量元素（铁、铜、锌等）缺乏和维生素的缺乏，以及某些慢性消耗性疾病所引起消瘦，味觉异常而喜欢舔食各种异物。
      （八）人类活动增加。近年来，随着青海湖地区社会经济的发展和人口的不断增长，特别是随着畜牧业、旅游业、等社会经济事业的发展，环湖地区社区村落、人为生产生活格局发生了巨大变化，人类活动增加。在很大程度上严重干扰和阻碍了普氏原羚栖息地的生态环境，致使普氏原羚栖息地生态环境植被被破坏、种群支离破碎。据有关资料统计，1949-1987年，青海湖周围人口已由过去的2万人增加到9万人，耕地面积不断扩大，草场面积不断减少，致使普氏原羚的栖息地越来越小。
      （九）近亲交配。根据统计学，一个种群数量过小，遗传多样性也会减少，而遗传多样性的减少容易产生遗传漂泊，这种现象使种群数量十分脆弱，并且导致种群多样性的丧失。由于目前种群的群体过小，种群之间相互隔离，不能进行基因性交流，因此，近亲繁殖的结果，也是导致种群数量衰退的主要原因，一旦野外种群消失，就意味着该物种的灭绝，这对全球来说都是一个永恒的遗憾。