本区地处青藏高原东缘，位于若尔盖沼泽的腹心地带，是青藏高原高寒湿地生态系统的典型代表。区内为平坦状高原，最高海拔3697米，最低海拔3422米，气候寒冷湿润，泥炭沼泽得以广泛发育，沼泽植被发育良好，生境极其复杂，生态系统结构完整，生物多样性丰富，特有种多，是我国生物多样性关键地区之一，也是世界高山带物种最丰富的地区之一。据初步调查，区内植物（包括菌类）有207种，其中星叶草、冬虫夏草为国家重点保护植物；脊椎动物有218种，其中国家重点保护野生动物有黑颈鹤、胡兀鹫、秃鹫、大天鹅等30多种，并为黑颈鹤的集中繁殖区之一，种群数量达480只左右。本区还是重要的水源涵养区，黑河和白河两条黄河上游的支流纵贯全区，便该区生态系统脆弱，一旦破坏后很难恢复，辖曼自然保护区的建立，对于保护高寒湿地生态系统和黑颈鹤等珍稀动物，研究自然环境变迁，古老生物物种保存，繁衍，分化具有重要的国际意义。
若尔盖高原位于青藏高原西北隅，是一块四面环山完整的丘状高原。若尔盖高原是第四纪强烈隆起中一个相对沉降区。区域地貌类型主要为低山、丘陵、河谷与阶地，若尔盖高原气候属大陆性高原气候，本区气候对湿地形成、发育起促进作用，为湿地发育的主要因素。本区植被以高山草甸、沼泽植被为主。草甸植被以莎草科、禾本科草本植物为主，有羊茅 (Festuca nivina)、四川嵩草 (Kobresia setchuanensis)、垂穗披碱草 (Elymus nutans）等。沼泽植被以木里苔草 (Carex muliensis)、西藏嵩草 (Kobresia tibetica) 等为主。地面常年积水或为季节性积水和临时性积水，泥炭层较厚，一般为 3米，最厚达 10米，泥炭分解度低，有机质含量大于 50%。土壤呈中性或微碱性反应，pH 值一般为 7.0～8.0，潜育层深厚，成土母质多为质地均匀的粉沙和亚粘土。
