在施工中采用了片石通风路基、片石护道，通风管路基、铺设保温板和热管等多项对提高冻土路基稳定性有明显效果的工程措施。在清水河等含冰量非常高的冻土地区，为保证铁路工程质量，中铁十二局等施工单位还实施了以桥代路工程，将桥基修在地下百多米深的永久冻土层上，地面上则架起了长达数公里乃至最长近12公里的大桥作为铁路路基。
被列为全线重点工程之首的风火山隧道，是世界海拔最高的高原冻土隧道。它的轨面标高4905米，经过的地域地质构造主要为含土冰层，其含土量只有15％。负责施工的中铁二十局专门成立了技术攻关组，科技人员住进隧道工地，不分昼夜地坚守在洞内，亲自打锚杆、掌喷头、控制药量，创造性地采用了“随开挖、随支护、早封闭、快衬砌”的施工方案，先后解决了“含土冰层”、“富冰冻土”等技术难题，为我国冻土隧道施工积累了宝贵的经验。
