地表自然景观和植物群落很大程度上依赖气候因素，本区气温和降水随高度变化的规律造成热量、水分及其组合在不同高度上具有明显的差别，从而导致植被也具有垂直变化的特征。
本区南部的倾斜平原带呈现砾质荒漠景观，向北地势变高逐渐过渡为山地荒漠草原、高山荒漠及高山冰雪带。区内植物成分以中亚东部荒漠成分和高原成分为主。因气候干旱，植物种属极为贫乏，植被复盖度一般为10～30%，山地荒漠高原直接与盆地的戈壁荒漠接壤，缺乏高山森林带。
在5000m以上为高山冰雪带，4390~5000m为稀疏的高山垫状植物带，3300～4500m为山地荒漠草原带，3300m以下为戈壁荒漠带。高山垫状植物个体矮小，垫状体表面呈半圆形或球冠状，这种形状更有利于抗干旱、大风，并能获得更多的阳光和热能，减少自身热量的散失和水分的蒸发。高山草甸仅零星分布于山问沟谷细粒土地段。在山地荒漠草原带内，由于强烈的蒸发和冻融作用，地表干燥，裂缝发育，局部地段盐渍化严重，植物种属以耐旱、耐碱的碱草、球草和芨芨草为主。戈壁荒漠带内气候极为干燥，地表以戈壁和流动砂丘为主，植被稀疏，仅在局部有水的地段发育着芦苇，水麦冬等植物。
碳质荒漠
荒漠草原
山地荒漠草原
高山草甸
高山冰雪
