为了做到合理地开发利用地下水资源，必须进行有效的管理。地下水资源管理的方法和措施分为：
①法律方面，由中央政府和地方政府制定和颁布实施有关水资源(包括地下水资源)的法律。这些法律和条例是地下水资源管理的依据。
②行政方面，建立水资源（包括地下水资源）的统一管理机构。如中国北方各省市都已建立了水资源管理委员会，设有水资源管理办事机构。
③科学技术措施方面，主要是利用系统分析的方法进行水资源（包括地下水资源）的管理。建立最优化的数学模型，使得在一定的水力的、经济的、法律的、社会的约束条件下,目标函数达到最优，即开采的成本最低,或开采的水量最多，或开采地下水所获得的经济效益最大等，为决策提供依据。
④经济方面，明确地下水资源有偿使用的原则，征收水资源费，对于超量开采和浪费水资源者处以罚款等。
